UNINE / LAMUN
Prof Pilar Junier

Nos recherches couvrent un large éventail de sujets liés aux bactéries et aux champignons, et à leurs interactions dans différents contextes. Dans ce projet, notre objectif est d'appliquer les principes écologiques dérivés de la microbiologie du sol à la lutte contre l'aspergillose. Nous apportons au projet notre expertise dans les modèles bactériens et fongiques associés à la consommation et à la production d'oxalate de calcium, ainsi que notre expérience dans la culture, l'isolement et l'identification de bactéries et de champignons à partir d'échantillons environnementaux. Notre travail comprend également l'analyse génomique et métagénomique, que nous utiliserons dans ce projet pour la caractérisation de nouvelles espèces et communautés bactériennes à partir d'échantillons de fluide broncho-alvéolaire.

L'équipe scientifique de l'UNINE comprend la Dr. Saskia Bindschedler, experte en mycologie, le Dr. Fabio Palmieri qui vient de terminer sa thèse sur le même sujet, et Mme Pauline Udriet, apprentie technicienne.

Alveolix AG

AlveoliX développe des modèles in-vitro avancés, appelés organes sur puce. Notre objectif est de faire de cette technologie la nouvelle norme pour les prises de décisions précliniques et de servir d'alternative aux modèles animaux existants. En tant que l'une des entreprises pionnières dans le domaine des poumons sur puce, nous avons développé un système qui imite la barrière alvéolaire, ainsi que la fonction respiratoire. L'étirement mécanique appliqué aux cellules pulmonaires permet de les maintenir fonctionnelles et dans un environnement similaire à celui d'un modèle in-vivo.

Nous menons actuellement plusieurs projets avec un large éventail d'applications allant de la modélisation de maladies au modèle d'inhalation, en passant par l'infection. En outre, le système AXLung-on-Chip est utilisé pour les tests de sécurité et de toxicité de divers composés, ainsi que pour l'efficacité des médicaments.

CHUV-Pulmonology
(Division of Pulmonology, Lausanne University Hospital - CHUV)
Dr Angela Koutsokera, MD, PhD

Nos recherches portent principalement sur le rôle du microbiote respiratoire et de l'environnement pulmonaire dans les défenses immunitaires locales et les maladies respiratoires inflammatoires. Dans le cadre de ce projet, qui vise à appliquer le biocontrôle à l'aide de bactéries pulmonaires pour lutter contre l'aspergillose, notre contribution sera tout d'abord d'établir les conditions cadres pour la mise à disposition du LAMUN/UNINE des échantillons de lavage broncho-alvéolaire pour la recherche de bactéries candidates. De plus, nous réaliserons des études in vitro à l'aide du système de poumon sur puce AlveoliX et des études in vivo à l'aide de modèles murins d'aspergillose, afin de comparer l'efficacité de biocontrôle de différentes bactéries pulmonaires et d'explorer les mécanismes cellulaires et moléculaires sous-jacents.

L'équipe scientifique du CHUV-Pneumologie comprend le Dr Niki Ubags et Aurélien Trompette, MSc, avec une forte expérience dans les modèles précliniques d'infections et de maladies respiratoires, le Dr Eric Bernasconi, spécialiste des interactions hôte-microbe dans les voies respiratoires, Makeda Minelik Alemu, étudiante MSc, impliquée dans les expériences in vitro, et Julie Pernot et Louis Mercier, techniciens de laboratoire, impliqués dans les expériences in vitro et in vivo.

SIB
(Vital-IT group, SIB Swiss institute of Bioinformatics)
Dr. Marco PAGNI

L'équipe Vital-IT (groupe interne du SIB) fournit un soutien bioinformatique à des projets de sciences de la vie en Suisse et à l'étranger par le biais de collaborations avec des partenaires universitaires et industriels. Grâce à ses diverses compétences en biologie computationnelle, en gestion des données et en ingénierie logicielle, l'équipe est en mesure de trouver des solutions sur mesure pour répondre à des questions biologiques complexes, y compris les données biomédicales et omiques.

Marco Pagni (co-PI) est un microbiologiste de formation, qui est devenu un biologiste computationnel en 1998. Au fil des ans, il a collaboré à de nombreux projets de recherche universitaire avec des informaticiens, des biologistes expérimentaux et des chimistes. Il a contribué au développement précoce de méthodes d'annotation automatique de séquences de protéines et dirige actuellement le développement de MetaNetX, une ressource publique consacrée aux réseaux métaboliques à l'échelle du génome.

Thomas Junier et Samuel Neuenschwander sont tous deux biologistes informaticiens seniors chez Vital-IT, spécialisés dans la génomique et les analyses de séquences biologiques.

SiMPLInext SA

SiMPLInext SA commercialise une série d’outils « smart » pour élargir la portée et la pertinence de la toxicologie, des performances et des évaluations d'impact in vitro.

Les besoins non satisfaits. Le marché des tests toxicologiques in vitro devrait atteindre 14,9 milliards de dollars américains d'ici 2025. La croissance de ce marché est principalement due à l'opposition à l'expérimentation animale - les modèles animaux sont-ils transposables à l'homme de manière fiable ? - et l'augmentation des dépenses de recherche et développement pour détecter la performance et la toxicité des substances à un stade précoce et selon un paradigme dose-réponse. Il s'agit de la capacité des substances à traverser les tissus épithéliaux qui tapissent l'extérieur et l'intérieur du corps humain. Le besoin non satisfait de méthodes fiables pour évaluer l'intégrité et la perméabilité des tissus épithéliaux humains in vitro est la raison pour laquelle les tests sur animaux restent la référence. Fournir aux toxicologues et aux concepteurs de médicaments un ensemble complet d'outils pour qualifier quantitativement l'intégrité et la perméabilité de l'épithélium in vitro permettra de faire passer l'in vitro de basse à haute technologie et favorisera son adoption industrielle, en créant une plateforme d'essai adaptée à toutes les substances, indépendamment de leur taille et de leur solubilité. Ce n'est qu'en sensibilisant davantage les humains que le monde sera plus sûr.

Le produit. La plateforme SiMPLI-CoMPLI SSI® IoT est une solution holistique composée de 3 produits complémentaires, pouvant être facilement mis à l'échelle pour un dépistage industriel sans aucune modification de la technologie de base sous-jacente.

Innovation. Le matériel pour une prédictivité accrue des tissus est associé à une plateforme de « cloud » pour une conformité " by design " aux bonnes pratiques de laboratoire (BPL) et une valorisation des données basée sur la « blockchain ». Pour la première fois, avec une seule configuration, les 4 paramètres suivants peuvent être qualifiés par bio-impédance : perméabilité des tissus, adhésion cellulaire, polarité cellulaire et prolifération cellulaire. L'enregistrement des données peut se faire de manière non invasive, à distance et indépendamment de l'opérateur. De plus, l'ensemble d'outils est un produit « open », qui peut être augmenté verticalement par l'intégration de sondes multiples et horizontalement par l'ajout de fonctionnalités numériques, comme l'intelligence artificielle (IA). Les essais peuvent être conçus pour tous les types de substances naturelles et artificielles.